Unidad de Proteómica

Unidad de Proteómica y Bioquímica de proteínas

La Unidad de Proteómica, perteneciente a los Servicios Centrales de Investigación Biomédica de la Universidad de Cádiz, ofrece servicios analíticos a la comunidad científica del INiBICA y de la Universidad de Cádiz, pero también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.

La Unidad tiene dos líneas principales: (i) una plataforma de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS) para la realización de análisis proteómicos masivos, tanto cualitativos como cuantitativos; y (ii) una plataforma de imagen molecular basada en espectrometría de masas (MALDI Imaging) que proporciona información sobre la situación de proteínas, péptidos, lípidos y metabolitos directamente sobre cortes tisulares.

Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.

PERSONAL:

Dr. Ignacio Ortea

e-mail: nacho.ortea@inibica.es

www.linkedin.com/in/ignacio-ortea/

Dra. Mª Carmen Durán Ruiz

e-mail: maricarmen.duran@gm.uca.es

EQUIPAMIENTO:

  • Espectrómetro de masas Q-TOF con movilidad iónica: Tims-TOF Pro (Bruker).
  • Espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF: Autoflex Speed (Bruker).
  • nanoHPLC: nanoElute (Bruker).
  • Sprayer: HTX M3.
  • Principales programas utilizados para análisis de datos: combinación de motores de búsqueda (Peaks, X!Tandem, MSGF+ y Comet), Peaks y Spectronaut para proteómica cuantitativa diaPASEF, Skyline para PRM-PASEF; SCILS para MALDI-Imaging, MBT Compass Library para MALDI Biotyper.

SERVICIOS:

  • Identificación y caracterización de proteínas por nanoHPLC-MS/MS DDA-PASEF y búsqueda en base de datos.

- Aplicaciones especializadas:

    • Identificación masiva de proteínas.
    • Identificación de PTMs.
    • Metaproteómica.

  • Proteómica cuantitativa:
    • DIA (data-independent acquisition): diaPASEF
    • Label-free
    • Targeted Proteomics: PRM-PASEF

- Aplicaciones especializadas:

    • Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras.
    • Descubrimiento/validación de biomarcadores.
    • Caracterización de mecanismos moleculares.
    • Cuantificación de PTMs.

  • MALDI Imaging.
  • MALDI Biotyper (identificación de cepas y especies de microorganismos por MALDI-TOF).
  • Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos.
  • Colaboración en proyectos de investigación.
  • Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas.

► TARIFAS

DIRECCIÓN POSTAL:

Unidad de Proteómica.

Servicios Centrales de Investigación en Ciencias de la Salud.

Edificio de Asuntos Generales, Universidad de Cádiz.

c/Doctor Marañón, 3, planta 3. 11002, Cádiz, ESPAÑA.