Unidad de Proteómica y Bioquímica de proteínas
La Unidad de Proteómica, perteneciente a los Servicios Centrales de Investigación Biomédica de la Universidad de Cádiz, ofrece servicios analíticos a la comunidad científica del INiBICA y de la Universidad de Cádiz, pero también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.
La Unidad tiene dos líneas principales: (i) una plataforma de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS) para la realización de análisis proteómicos masivos, tanto cualitativos como cuantitativos; y (ii) una plataforma de imagen molecular basada en espectrometría de masas (MALDI Imaging) que proporciona información sobre la situación de proteínas, péptidos, lípidos y metabolitos directamente sobre cortes tisulares.
Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.
PERSONAL:
Dra. Mª Carmen Durán Ruiz
e-mail: maricarmen.duran@gm.uca.es
EQUIPAMIENTO:
- Espectrómetro de masas Q-TOF con movilidad iónica: Tims-TOF Pro (Bruker).
- Espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF: Autoflex Speed (Bruker).
- nanoHPLC: nanoElute (Bruker).
- Sprayer: HTX M3.
- Principales programas utilizados para análisis de datos: combinación de motores de búsqueda (Peaks, X!Tandem, MSGF+ y Comet), Peaks y Spectronaut para proteómica cuantitativa diaPASEF, Skyline para PRM-PASEF; SCILS para MALDI-Imaging, MBT Compass Library para MALDI Biotyper.
SERVICIOS:
- Identificación y caracterización de proteínas por nanoHPLC-MS/MS DDA-PASEF y búsqueda en base de datos.
- Aplicaciones especializadas:
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- Identificación masiva de proteínas.
- Identificación de PTMs.
- Metaproteómica.
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- Proteómica cuantitativa:
- Aplicaciones especializadas:
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- Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras.
- Descubrimiento/validación de biomarcadores.
- Caracterización de mecanismos moleculares.
- Cuantificación de PTMs.
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- MALDI Imaging.
- MALDI Biotyper (identificación de cepas y especies de microorganismos por MALDI-TOF).
- Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos.
- Colaboración en proyectos de investigación.
- Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas.
DIRECCIÓN POSTAL:
Unidad de Proteómica.
Servicios Centrales de Investigación en Ciencias de la Salud.
Edificio de Asuntos Generales, Universidad de Cádiz.
C/Doctor Marañón, 3, planta 3. 11002, Cádiz, España.
