La Unidad de Proteómica, perteneciente a los Servicios Centrales de Investigación Biomédica de la Universidad de Cádiz, ofrece servicios analíticos a la comunidad científica del INiBICA y de la Universidad de Cádiz, pero también a cualquier investigador de otras universidades, hospitales y empresas.

La Unidad tiene dos líneas principales: (i) una plataforma de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS) para la realización de análisis proteómicos masivos, tanto cualitativos como cuantitativos; y (ii) una plataforma de imagen molecular basada en espectrometría de masas (MALDI Imaging) que proporciona información sobre la situación de proteínas, péptidos, lípidos y metabolitos directamente sobre cortes tisulares.

Como servicio de apoyo a la actividad investigadora, la Unidad de Proteómica proporciona soporte personalizado a cada proyecto, pudiendo incluir las etapas previas y posteriores al análisis: diseño de experimentos, revisión de proyectos, análisis bioinformático e interpretación biológica de los datos generados.

• Dra. Mª Carmen Durán Ruiz: maricarmen.duran@gm.uca.es

• Espectrómetro de masas Q-TOF con movilidad iónica: Tims-TOF Pro (Bruker).
• Espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF: Autoflex Speed (Bruker).
• nanoHPLC: nanoElute (Bruker).
• Sprayer: HTX M3.
• Principales programas utilizados para análisis de datos: combinación de motores de búsqueda (Peaks, X!Tandem, MSGF+ y Comet), Peaks y Spectronaut para proteómica cuantitativa diaPASEF, Skyline para PRM-PASEF; SCILS para MALDI-Imaging, MBT Compass Library para MALDI Biotyper.

• Identificación y caracterización de proteínas por nanoHPLC-MS/MS DDA-PASEF y búsqueda en base de datos.
  • Aplicaciones especializadas:
    • – Identificación masiva de proteínas.
    • – Identificación de PTMs.
    • – Metaproteómica.

• Proteómica cuantitativa:
  • DIA (data-independent acquisition): diaPASEF.
  • Label-free.
  • Targeted Proteomics: PRM-PASEF.
  • Aplicaciones especializadas:
    • – Expresión diferencial en dos o más grupos de muestras.
    • – Descubrimiento / validación de biomarcadores.
    • – Caracterización de mecanismos moleculares.
    • – Cuantificación de PTMs.

• MALDI Imaging.
• MALDI Biotyper (identificación de cepas y especies de microorganismos por MALDI-TOF).
• Revisión de propuestas a convocatorias de proyectos.
• Colaboración en proyectos de investigación.
• Formación en herramientas proteómicas y bioinformáticas.

• ↪ TARIFAS

Unidad de Proteómica. Servicios Centrales de Investigación en Ciencias de la Salud. Edificio de Asuntos Generales, Universidad de Cádiz. C/ Doctor Marañón, 3, planta 3. 11002, Cádiz, España.